Stroški faktoringa se lahko na splošno razdelijo na dva dela in sicer iz provizije in stroškov financiranja. Vsi stroški se opredelijo pred začetkom izvedbe faktoringa in so natančno definirani v faktorinški pogodbi.
Stroški provizije se giblje nekje med 0,5% do 4% od vrednosti odstopljenih terjatev oziroma faktur. Provizije se razlikujejo od komitenta do komitenta, višina se določi glede na boniteto dolžnika in komitenta ter glede na to za kateri faktoring gre. Faktor z odkupom terjatev dejansko omogoči financiranje podjetja kar pomeni, da gre za posojilo, cena za posojilo pa je provizija.
Naslednji so stroški financiranja v obliki obrestne mere za predujem, ki ga faktor nakaže komitentu pred poravnavo iz strani dolžnika. Obrestna mera je variabilen strošek in je odvisen od dogajanja na denarnem trgu.
